Al op jonge leeftijd hielp Jan Molenaar tegen zijn zin in de groentezaak van zijn vader. Omdat die er van overtuigd was dat zijn zoon in zijn voetsporen zou treden, werd Jan niet gestimuleerd om na de lagere school door te studeren. Hij kwam te werken bij de Gemeentereiniging Den Haag, waarschijnlijk als ophaler. Als lid van de AJC en de SDAP roerde hij zich nogal. Dat had alles te maken met zijn pogingen om van de AJC een werkelijke jeugdbeweging te maken. Mede hierdoor kwam hij aan de linkerkant van de sociaaldemocratie te staan. Toen in 1932 een afsplitsing onvermijdelijk werd nam hij zowel lokaal als nationaal het voortouw. In de aan de OSP gelieerde jeugdbeweging werd hij de ‘Klaas Toornstra van het SJV’ genoemd (Toornstra was de grote stimulator van de AJC). Molenaar werd zowel in het bestuur van de OSP als het SJV gekozen. Door het ambtenarenverbod werd hij bij de Gemeentereiniging Den Haag ontslagen: in 1934 had hij geprotesteerd tegen de uitzetting van vier jonge Duitsers door de burgemeester van Laren-NH. Aansluitend was hij jarenlang werkloos.
Lid partijbestuur RSAP vanaf oprichting in maart 1935. Met Frank van der Goes leider oppositie binnen de RSAP. Medeoprichter van de Bond van Revolutionaire Socialisten (BRS). Redacteur van De Socialist en Rood Kader, twee organen van de BRS.
Molenaar trouwde met de onderwijzeres Annie Wiersma. Ze kregen twee zoons die ze naar Erich Mühsam en Ernst Toller noemden. Het echtpaar Molenaar was zeer actief in het Emigranten Steun Fonds (ESF). Op 26 mei 1937 kwamen ze in Spanje aan als verslaggevers van de Burgeroorlog. Jan zou in Spanje voor werving en organisatie hebben gezorgd. Nadat ze 3 weken vrij in Spanje hadden rondgelopen, werden ze door de PCE gearresteerd op beschuldiging van spionage en gevangen gehouden in de Calle Corcega 299. Toen ze op 8 juli bezocht werden in de gevangenis van het politiebureau in een hotel zaten ze vast met 7 Duitsers, 1 Zwitser, 3 Fransen, 2 Italianen en 1 Amerikaan. In totaal hebben ze 42 dagen in 5 verschillende gevangenissen vastgezeten. Door interventie van La Gauche Revolutionnaire kwamen ze in juli 1937 vrij. Volgens een communistische bron zouden ze door tussenkomst van het Nederlandse consulaat zijn vrijgekomen en ‘zonder verhoord te zijn’ Spanje zijn uitgezet. Terug in Nederland gaven de Molenaars diverse lezingen over hun ervaringen in Spanje. Mogelijk zijn ze daarna nog een keer teruggegaan. Namens het ESF nam Jan Molenaar zitting in de Internationale Commissie voor Hulp aan Spaanse Vluchtelingen.
Aan het begin van de oorlog had Jan Molenaar in Amsterdam een klein bedrijfje waar briketten werden geperst van kranten en steenkoolgruis. De oud-Spanjestrijder Tinus van Vugt werkte hier. Voor het eerst was er in het gezin iets van welvaart te bespeuren. De Molenaars waren vanaf 1941 betrokken bij de verspreiding van Het Parool, en verleenden steun aan Vrij Nederland. Op 26 maart 1941 werd Jan thuis gearresteerd. Hij was toevallig even overgekomen uit Amsterdam, iets wat hij anders alleen in het weekend deed. De SD was op zoek naar een door hem uitgeleende stencilmachine. In zijn tas vonden ze allerlei papieren over de zojuist gehouden Februaristaking, bovendien bleek in de boekenkast allerlei linkse literatuur te staan. Na een verblijf in de gevangenis in Scheveningen werd hij veroordeeld voor ‘meerdere verzetsactiviteiten’. Via het PD Amersfoort belandde Molenaar op 28 maart 1942 in het KZ Buchenwald, waar hij in de steengroeve moest werken. Toen hij op een dag zag dat een zestienjarige jongen een pak slaag kreeg, zei hij tegen zijn bewakers: “Moeten jullie zo’n jonge jongen nou zó hard aanpakken?” Hierop moest Molenaar zijn schoenen uittrekken, er werd steengruis in gedaan en hij moest ze weer aantrekken. Hij kreeg de opdracht met een kruiwagen stenen rondjes te lopen. Na drie dagen lopen viel hij dood neer. De officiële doodsoorzaak luidde “akute Herzenschwäche.” Het is dan 5 juni 1942.
Annie Molenaar werkte na de arrestatie van haar man als onderwijzeres in Den Haag. Haar huis was een doorgangshuis voor onderduikers. Nadat ze zelf pas twee weken wist dat haar man in Buchenwald was omgekomen, gaf ze in 1942 toch onderdak aan de joodse Wim Polak, de latere wethouder voor volksgezondheid en kunst van Amsterdam. Zij had op dat moment al een Hongaars-joodse onderduikster in huis.
In het gedenkteken van de AJC-slachtoffers op de Paasheuvel is ook de naam van Jan Molenaar opgenomen. In zijn AJC-tijd dichtte hij:
Was ik dichter,
dan zouden uit m’n ziel opstijgen
klanken, woorden, die ineenvloeien,
Was ik schilder,
in lijn en kleur zou zich openbaren wat m’n ogen hebben
aanschouwd,
Was ik zanger,
ik zong er m’n lied,
zo mooi, zo mooi,
Ja, was ik,
maar ik ben als vechter geboren
en vechten zal ik, met al m’n kracht voor de
Socialistiese Jeugdbeweging,
voor de goede zaak van ‘t proletariaat,
tot heil der ganse Mensheid.
- Archief Bart de Cort, IISG
- Archief Internationale Brigaden, Moskou, RGASPI F.545-Op.6-D.404-L.57